นักวิจัยได้เปิดตัวเครื่องมือจีโนมบนเว็บใหม่สำหรับชุมชนการวิจัยของ Brassica ทั่วโลก เบราว์เซอร์ ORDER (Oilseed Rape Developmental Expression Resource)ใช้ข้อมูลอนุกรมเวลาการถอดรหัส และอนุญาตให้ผู้ใช้ค้นหายีนที่สนใจและวางแผนว่ายีนเหล่านี้แสดงออกผ่านการพัฒนาของพืชอย่างไร สิ่งนี้สามารถเปิดเผยความสัมพันธ์ใหม่ระหว่างยีนและปรับปรุงความเข้าใจของเราเกี่ยวกับเครือข่ายการกำกับดูแล ซึ่งรวมถึงสิ่งที่มีผลกระทบต่อผลผลิต
เครื่องมือสร้างภาพการแสดงออกของยีนใหม่สำหรับการข่มขืนด้วยเมล็ดพืชน้ำมันที่พัฒนาขึ้น
โดยศูนย์จอห์น อินเนส จะช่วยให้นักวิทยาศาสตร์สามารถขุดและเห็นภาพข้อมูลหลักสูตรเวลา เพื่อช่วยให้เข้าใจกฎเกณฑ์ทางพันธุกรรมของการเปลี่ยนแปลงพัฒนาการ เช่น การเปลี่ยนจากการเจริญเติบโตของพืชเป็นการสืบพันธุ์ (การเปลี่ยนแปลงของดอกไม้) .
ช่วงเวลาที่แสดงให้เห็นว่าพืชผลเป็นปัจจัยหลักในการให้ผลผลิต ดังนั้นการคลี่คลายการควบคุมทางพันธุกรรมของการเปลี่ยนแปลงพัฒนาการนี้จึงมีความสำคัญทางการเกษตรที่สำคัญ
ศาสตราจารย์ริชาร์ด มอร์ริส ผู้เขียนบทความที่เกี่ยวข้องกันซึ่งสรุปเทคโนโลยีกล่าวว่า “นี่เป็นแหล่งข้อมูลชุมชนที่สำคัญซึ่งช่วยเสริมความแข็งแกร่งให้กับบทบาทของ John Innes Centre ในฐานะศูนย์กลางการวิจัยของ Brassica ทั่วโลก”
“เครื่องมือวิเคราะห์และแสดงภาพช่วยให้ชุมชน Brassica เข้าถึงชุดข้อมูลไดนามิกของการแสดงออกของยีนที่หลากหลายและเข้าถึงได้ ชุดข้อมูลอื่นสามารถอัปโหลดและวิเคราะห์ได้อย่างง่ายดายโดยใช้ซอฟต์แวร์เดียวกัน”
Marc Jones นักศึกษาระดับปริญญาเอกออกแบบและเขียนซอฟต์แวร์ AionPlot ซึ่งเปิดให้ใช้งานฟรีโดยได้รับความช่วยเหลือจาก Tjelvar Olsson ในทีมสารสนเทศของ John Innes Center ซอฟต์แวร์ดังกล่าวได้รับการพัฒนาให้เป็นเครื่องมือเว็บที่เป็นมิตรกับผู้ใช้ ORDER ซึ่งนำเสนอและวิเคราะห์ไดนามิกของการแสดงออกของยีน
การพัฒนาซอฟต์แวร์ที่สร้างขึ้นจากงานก่อนหน้านี้ ซึ่งนักวิจัยได้ผลิตอนุกรมเวลาการถอดรหัสการข่มขืน oilseed ที่ครอบคลุมในช่วงการเปลี่ยนภาพดอกไม้ ORDER ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ข้อมูลนี้ได้ ทำให้มีข้อมูลเชิงลึกใหม่ๆ เกี่ยวกับการควบคุมพฤติกรรมการออกดอกในการข่มขืนเมล็ดพืชน้ำมัน ซึ่งจนถึงขณะนี้มีความท้าทายเนื่องจากจีโนมที่ซับซ้อนและลักษณะที่กว้างขวางของชุดข้อมูล
การทำซ้ำของจีโนมใน Brassicas ส่งผลให้เกิดยีนที่ใกล้เคียงกันหลายอย่างในการข่มขืนเมล็ดพืชน้ำมันเมื่อเปรียบเทียบกับพืชต้นแบบ Arabidopsis มักสันนิษฐานว่าสิ่งเหล่านี้มีฟังก์ชันที่คล้ายกัน แต่สิ่งที่พบโดยใช้ ORDER คือพวกเขาสามารถแสดงพฤติกรรมแบบไดนามิกที่แตกต่างกันมาก
ทรัพยากรใหม่นี้ประกอบด้วยทั้งชุดข้อมูลและซอฟต์แวร์ที่ช่วยให้นักวิจัยสามารถสำรวจพฤติกรรมแบบไดนามิกของยีนที่แสดงออกทั้งหมดตลอดการพัฒนา ในปัจจุบัน ข้อมูลระยะเวลาในฐานข้อมูลขยายไปถึงทั้งเนื้อเยื่อใบและส่วนปลายสำหรับการข่มขืนเมล็ดพืชน้ำมันในฤดูใบไม้ผลิและฤดูหนาวในหลายช่วงเวลา ให้ข้อมูลเชิงลึกที่ไม่เคยปรากฏมาก่อนเกี่ยวกับพลวัตของการแสดงออกของยีนในการข่มขืนเมล็ดพืชน้ำมัน (Brassica napus) ตลอดการพัฒนา
หวังว่าสิ่งนี้จะช่วยให้สามารถระบุยีนและเครือข่ายการกำกับดูแลที่ควบคุมการเปลี่ยนแปลงของดอกไม้ใน Brassicas
ดร.ราเชล เวลส์ ผู้ร่วมเขียนรายงานกล่าวว่า “สิ่งนี้จะช่วยให้เราเข้าใจถึงความแตกต่างในเครือข่ายที่ควบคุมการออกดอก ไม่เพียงแต่ในการข่มขืนเมล็ดพืชน้ำมันในฤดูใบไม้ผลิและฤดูหนาวเท่านั้น แต่ยังมีความแตกต่างกับพืชตระกูลถั่วบราซิกาอื่นๆ เช่น การข่มขืนด้วยเมล็ดพืชน้ำมันของจีนและคะน้าในฤดูหนาว ข้อมูลดังกล่าวเป็นกุญแจสำคัญในการปรับพืชผลให้เข้ากับสภาพอากาศที่แตกต่างกัน”
แพลตฟอร์มนี้ให้กรอบการทำงานที่ยอดเยี่ยมสำหรับการเพิ่มข้อมูลเพิ่มเติม รวมถึงความหลากหลายเพิ่มเติม ประเภทของเนื้อเยื่อ และจุดเวลา เพื่อให้สามารถเปรียบเทียบระหว่างพันธุ์ต่างๆ กับกลยุทธ์ประวัติชีวิตที่แตกต่างกันด้วยความละเอียดที่สูงขึ้น
ผู้เขียนได้รวบรวมชุดข้อมูลเพิ่มเติมหลายชุดเพื่ออัปโหลดไปยังแพลตฟอร์ม และหวังว่าคนอื่นๆ จะมีส่วนร่วมในการเพิ่มผลกระทบของทรัพยากรนี้ให้เกิดประโยชน์สูงสุด พวกเขาหวังว่าแหล่งข้อมูลนี้จะกลายเป็นประเด็นสำคัญสำหรับชุมชน ซึ่งจะเสริมความแข็งแกร่งให้กับบทบาทของ John Innes Centre ในฐานะศูนย์กลางสำหรับการวิจัยของ Brassica และช่วยให้นักวิจัยจากสาขาต่างๆ สามารถแชร์ข้อมูลอนุกรมเวลาที่คล้ายคลึงกัน
Credit : aliasrevista.net franxophonie.org talesofmonkeyisland-game.com bronxyouthheard.org dagangasia.net obamastinks.net shauncassidy.net outletbotastimberland.com flying-for-the-cure.org 2014sjordanxilowconcord.com
